Gracias por tu pronta respuesta.
He verificado lo del Synaptic y estaba todo correcto, ningun paquete pendiente por instalar, luego he creado otro usuario, he entrado con el pero igual lo curioso es que en el Menu Lugares y Sistema los icinos si me salen, solo me han desaparecido en el de APlicaciones.
A ver si alguien me puede ayudar.
Gracias a todos.