Bueno, ya se cual es el problema, no es culpa de si el sistema esta formateado en ext2, ext3 o ext4, el problema viene de que yo cree las particiones o que las particiones las cree el instalador de PCLInuxos automaticamente, si soy yo quien crea una particion, da igual si es ext2, ext3 o ext4, y otra particion swap, e instalo pclinuxos, tanto si es phoenix, mini phonenix o minizen (son las que he probado yo) el sistema va lentisimo, ahora si es el sistema quien crea las particiones automaticamente, el sistema funciona perfectamente.
Saludos