No entiendo lo que dices de (no necesariamente un .exe), si wine es para eso

En fin, si hablas de kde los programas los puedes lanzar desde el menú los cuales puedes editar fácilmente.
Te recomiendo guardar todos los programas que uses con wine en la carpeta "
.wine/drive_c" de tu home.
Para ejecutar los programas desde el menú kde, como este ejemplo con Irfanview:
Comando: env WINEPREFIX="/home/user/.wine" wine "C:\IrfanView\i_view32.exe"
Ruta de Trabajo: /home/user/.wine/dosdevices/c:/IrfanView
espero te sirva
