Je n'ai jamais connu exactement la même situation que toi, mais à l'utilisation (LXDE et Education), j'ai constaté que PCManFM avait quelques ratés... Par exemple, ressortir un vieux wallpaper que tu as remplacé depuis 2 ou 3 logins ou plus d'îcône sur le bureau après une certaine manoeuvre (ça revient après reboot), certains icônes qui apparaissent des fois et des fois non... En somme, j'ai remarqué qu'il était quelques peu "instable" à l'occasion pour la gestion du bureau. (Pour le montage et démontage aussi il a des problèmes quelquefois, je l'ai expérimenté sur 1 PC...).
Bon, ça t'aidera sûrement pas, mais tu n'es pas le seul à éprouver quelques pépins à l'occasion avec PCManFM.