Salut,
Tu as tout bon, j'aurais commencé par regarder dans le fichier *.desktop correspondant, sous /usr/share/applications, et de là le nom et l'extension du fichier image représentant l'icône. Il y a plusieurs de ces programmes qui comportent un svg au lieu d'un png. Le problème n'est pas lié à Openbox ou à openbox-menu (le programme qui affiche les menus clic-droit) mais à freedesktop.org. Le programme menu-openbox lui se contente d'afficher ce qui est dans les fichiers desktop à l'aide de la bibliothèque menu-cache. Tu peux regarder dans une autre version dotée d'un menu spacial, comme lxpanel par exemple, l'icône sera aussi manquante. (Le nouvel openbox-menu pas encore arrivé, a un "fallback" et affiche une icône générique quand il en manque, mais nous n'avons pas encore cette version).
Tu installes ton icône png sous /usr/share/pixmaps ou bien /usr/share/icons et tu regardes avec lequel des deux ça fonctionne.
pdfmod ? Que fait ce programme ?